Hp诱导胃黏膜炎症和癌变的发生，与其产生的致病因子密切相关。VacA和CagA基因是Hp最重要的两个致病基因。根据VacA和CagA基因存在与否，Hp菌株能够被粗分为I型和II型两大类，其中I型菌株能够产生VacA和CagA蛋白，具有更强的致病性。同时VacA和CagA基因具有明显的遗传多态性，不同的基因型与其临床感染的严重性也明显相关。VacA编码的VacA蛋白可诱导上皮细胞的空泡变性导致细胞坏死、炎症，长期反复可致基因突变。根据VacA蛋白信号肽s区和p55结构域的m区序列特性，HP可以分为s1、s2和m1、m2亚型。不同亚型的HP菌株产生的VacA及其活性和毒力也不同。研究发现，s1/m1型Hp产生VacA毒素水平最高，毒力最强，其次为s1/m2型菌株，而s2/m1和s2/m2型菌株只能产生低水平或无毒性的VacA，因而毒力较弱。

CagA基因编码的CagA蛋白通过Hp的CagPAI的IV分泌系统进入人的胃上皮细胞，经过磷酸化后与 SHP-2结合形成复合物，抑制SHP-2活性，从而诱导胃上皮细胞的异常迁移和增值，因此CagA被认为是加速萎缩性胃炎发展和癌变的重要因子。基于CagA与SHP-2结合的C-端氨基酸序列（EPIYA）基序存在情况，可以分为不同的EPIYA型。此外，CagA基因序列存在明显的地理差异，可以分为西方株和东亚株型。研究发现：东亚株型Hp的CagA具有更强的SHP-2结合和转化活性，因此具有更高的毒力。

幽门螺杆菌的耐药与其基因的关系

Hp根除治疗一般采用联合用药，即质子泵抑制剂加铋剂，联合1 种或2 种抗生素。但随着抗生素的广泛应用，Hp对常用抗生素的耐药率呈现逐年上升趋势。在全世界范围内，亚洲和非洲国家的耐药情况最为严重。国际上亚州和非州的Hp对常用抗生素的耐药率较高。有调查显示，我国Hp耐药情况总体很高，对甲硝唑耐药达40-65%，克拉霉素耐药达20-50%，但在不同地区差异很大。近年来Hp对抗生素的耐药率逐年增加，进一步说明对Hp耐药需要更加重视。各种药物的作用机制及靶基因各不相同，因而对不同抗生素的耐药基因也要分别检测。